Certification professionnelle

Objectifs et contexte de la certification :

Les nouvelles technologies d’exploration du vivant (les «omiques») ont conduit à une nette augmentation du nombre de données en sciences du vivant et en médecine ainsi qu’à leur diversification («Big Data»). De nouveaux outils pour gérer, traiter, analyser et donc exploiter ces données sont nécessaires. Les informations qui en sont issues sont à forte valeur ajoutée dans des domaines très variés tels que la biologie cellulaire, la génétique, la médecine personnalisée ou la pharmacochimie. En effet, la science des données relatives au vivant se développe dans de nombreux secteurs d’activités. On peut citer les biotechnologies, l’industrie pharmaceutique et para-pharmaceutique, l’industrie agroalimentaire, les plateformes biologiques ou médicales et le secteur hospitalier en général. Sa mise en œuvre requiert des compétences pluridisciplinaires à l’interface de l’informatique, des sciences du vivant et de la médecine.

Les entreprises de ces secteurs ont certes besoins d’équipements pour produire et optimiser la production à haut débit de données relatives au vivant mais elles ont également besoin de développer et déployer des solutions informatiques et des modèles mathématiques, par exemple en biostatistiques, adaptés à la gestion, l’organisation, l’analyse et la sécurisation de ces données.

Les ingénieurs diplômés en « bioinformatique » seront amenés à relever ce défi. Pour ce faire, ils font preuve d’une forte réactivité et de grandes capacités d’adaptation afin d’être en mesure de concevoir ces solutions informatiques et ces modèles physiques et mathématiques.

A l’interface entre l’informatique et les sciences du vivant, ils sont capables de:
- Produire des données, faisant intervenir des concepts de physique et chimie du vivant ;
- Gérer, stocker, organiser des données, nécessitant des compétences, faisant intervenir des concepts de biologie de chimie et de physique du vivant, en programmation et algorithmique ;
- Exploiter, explorer et analyser des données, nécessitant des connaissances et compétences en sciences de données, informatique, biologie, mathématique, et chimie.

Activités visées :

L’ingénieur diplômé de la spécialité « bioinformatique » de l’EIDD est amené à réaliser les activités suivantes

• Identification des stratégies de résolution automatisables via l’outil informatique.
• Développement des solutions innovantes utilisant les outils numériques et mathématiques en science des données pour le vivant.
• Développement des méthodes et logiciels performants, utilisant la simulation numérique, la programmation, l’intelligence artificielle, pour exploiter les informations issues d’expériences biologiques ou médicales.
• Organisation, planification et suivi de l’avancement de projets complexes par leur pluridisciplinarité, par les contraintes de la réglementation nationale et/ou internationale codifiant la manipulation du vivant ou des données relatives au vivant, ainsi que les enjeux éthiques et environnementaux concernés.
• Déploiement des outils Web (bases de données et services) pour organiser les informations biologiques ou biomédicales, en garantissant la sécurisation et l’anonymisation des données.
• Mise en œuvre d’une démarche qualité relative aux logiciels utilisés en bioinformatique.
• Développement des technologies numériques pour produire de nouvelles informations et améliorer la qualité des données biologiques ou médicales générées.
• Rédaction des rapports de suivi des travaux ainsi que des projets de recherche en langue française ou anglaise.
• Mise en œuvre d’une veille réglementaire dans le domaine de la bioinformatique, des biotechnologies et de la biologie, principalement appliquée et assurer son suivi.
• Vulgarisation des produits scientifiques principalement numériques en biologie, et produire des supports de formation pour les utilisateurs de ces produits
• Management d’équipes pluridisciplinaires, aussi bien nationales qu’internationales.
• Conseil pour le secteur des industries de la santé (pharmaceutiques et para-pharmaceutiques), de l’agroalimentaire, des biotechnologies et/ou de l’environnement
• Conseil pour le secteur hospitalier pour ses plateformes médicales ou biologiques.

Compétences attestées :

Au terme de sa certification, l’ingénieur diplômé en « bioinformatique » dispose des compétences attestées suivantes: 

• Appliquer une démarche scientifique en utilisant les outils numériques, mathématiques, physiques et technologiques en sciences du vivant pour concevoir, personnaliser ou améliorer des dispositifs existants
• Exploiter les sciences et technologies modernes telles que la simulation numérique, la programmation, l’intelligence artificielle, les objets connectés pour innover dans le secteur biomédical.
• Etablir le cahier des charges traduisant fidèlement les besoins des professionnels en sciences du vivant, dans le respect des normes en vigueur et des contraintes environnementales (cycle de vie).
• Réaliser une veille scientifique et technologique dans les domaines informatique et biologique mais aussi mathématique, physique et chimique en lien avec les sciences du vivant, et assurer son suivi.
• Collecter, analyser et stocker des données expérimentales et numériques en prenant en compte leur cycle de vie
• Elaborer un flux opérationnel composé de briques logicielles répondant à un cahier des charges issues des biotechnologie, pharmacologie, agro-alimentaires, pharmacologies, biologie de synthèse ou encore des problèmes de recherche en biologie
• Développer et déployer des méthodes numériques en utilisant des outils informatiques, mathématiques, physiques, chimiques et biologiques
• Analyser les enjeux sociaux, économiques et éthiques de ses projets, et traduire en actions spécifiques dans son entreprise, son laboratoire ou son service hospitalier en respectant la politique qualité interne
• Respecter les usages et mettre en œuvre la réglementation dans les domaines de l’éthique, l’hygiène et sécurité, du développement durable et de la responsabilité environnementale (écoconception, cycle de vie des données et outils numériques développés …)
• Utiliser les outils d’aide à la résolution de problèmes tout en évaluant leur criticité : AMDEC (Analyse des Modes de Défaillances, Pareto, 5M, matrice de décision, etc.).
• Rédiger et gérer des projets (objectifs, qualité, coût, marché, délais, risques, éthique, réglementation) et conduire une ou plusieurs équipe(s) pour les porter.
• Interagir avec des équipes d’expertises complémentaires et variées, en contexte international et interculturel.
• Communiquer à des fins de formation ou de transfert des connaissances, par voie orale et par voie écrite, en français et en anglais, en ciblant le contenu adapté à son interlocuteur.
• Négocier et arbitrer en interne comme en externe
• Entreprendre et innover, dans le cadre de projets personnels ou par l’initiative et l’implication au sein de l’entreprise dans des projets entrepreneuriaux (start-up, dépôt de brevet, appel à projets) dans le domaine de la bioinformatique et des sciences des données.

Modalités d'évaluation :

L’évaluation des compétences est réalisée par différents moyens :

• Des examens écrits et/ou oraux sous forme de QCM, de problèmes guidés ou de problèmes ouverts.
• Des compte-rendu de travaux pratiques réalisés individuellement ou en groupe sous forme écrite ou orale.
• Les projets constituent des mises en situation professionnelles de courte durée pendant lesquelles l’étudiant doit mobiliser des compétences appropriées à sa mission. Sa capacité à mobiliser ces compétences est évaluée à l’aide d’un rapport et/ou d’une soutenance.
• Les périodes en entreprise sont évaluées par des soutenances orales régulières devant un jury multidisciplinaire , un rapport en anglais suite à la mobilité internationale ainsi qu’un rapport en fin de cursus.

Les modalités d’évaluation des compétences sont aménagées pour les stagiaires en situation d’handicap (médicalement attestée). Des dispositions variées, fonction de la sévérité du handicap sont proposées en accord avec le référent médical : tiers temps supplémentaire aux examens, répartition de la formation sur 4 ans, mise à disposition d’un robot de substitution pour les projets et travaux pratiques, etc.

La politique générale en matière d’handicap étudiant de l’Université Paris Cité, dont dépend l’EIDD, peut être consultée ci-contre : https://u-paris.fr/etudes-et-handicap/

Il est possible d'accéder au diplôme d’ingénieur de l’EIDD spécialité "bioinformatique" par la voie de la validation des acquis (VAE). L’évaluation des compétences est réalisée conformément à la réglementation nationale.